Perserna iakttog händelserna i Aten med oro. Utvecklingen som pågick spred sig över Greklands övärld och de uppror som skedde avsatte flera av de härskare som hade hämtat stöd från perserna. Darius, den persiska storkungen, gav en order om att sätta ihop en flotta som sedan samlades i hamnstäderna. De anföll Naxus, den grekiska staden, år 499 men belägringen misslyckades.
Det misslyckande anfallet av perserna fick jonerna att reagera och ett stort uppror startade. Det spred sig snabbt ända till Cypern. Ledaren av upproret tog sig under samma tid till Sparta för att söka hjälp, men blev avvisad. Aten däremot erbjöd stöd i form av tjugo skepp och ett relativt stort antal marinsoldater.
Upproret pågick i sex år och till en början såg det framgångsrikt ut för grekerna, men vid slaget vid Efesos besegrades grekerna av perserna. Det skedde efter att persernas militärmaskineri hade satts i rullning. Slaget skedde år 497 f.Kr och året därpå blev Cypern återerövrad av perserna. Grekerna var nu på defensiven.
År 491 f.Kr krossades de sista förhoppningarna om oberoende hos de joniska grekerna. Det slutgiltiga nederlaget s
kedde i samband med sjöslaget i Lade. Därefter kapitulerade staterna som deltog i upproret och samtidigt fylldes övärlden igen med alla flyende greker.
Upproret ledde till stora förluster på båda sidor. Trots den stora kraften och själva storleken på upproret reagerade perserna förhållandevis milt. De krävde inga skadestånd, de höjde inte skatterna och de lät de grekiska staterna att behålla sin demokrati. Allt kunde ha slutat där, men härskaren i Persien bestämde sig för att skicka en straffexpedition. Den bestod av en stor armé som begav sig av mot Aten.
Konflikten trappades upp i vad som kom att gå till historien som Perserkrigen. Slagen vid Marathon, Thermopyle, Salamis och Plataiai är fyra av de mest välkända striderna som ingår i perserkrigen. Slaget vid Marathon, en av de mest välkända striderna i Europas krigshistoria skedde år 490 f. Kr. Slaget vid Thermopyle i sin tur skedde år 480 f. Kr och det har gjorts en film om slaget som heter “300”. Slaget vid Salamis år 480 f.Kr. kom att bli en av de mest välkända sjöslagen i hela krigshistorien. Slutligen pågick Slaget vid Plataiai i augusti 479 f.Kr. Grekerna vanns kriget och perserna lämnade därefter landet.